水文水资源研究所的前身是成立于1977年的水利部南京水文研究所，2001年6月科研体制改革，成建制并入南京水利科学研究院。现有在职职工71人，其中教授级高工20人，高级工程师31人；拥有水文学及水资源学科硕士、博士学位点和博士后流动站，博士生导师10名。 水文水资源研究所是水利部颁发的首批水文水资源调查评价和建设项目水资源论证甲级资质单位，是水利部应对气候变化研究中心、水文水资源与水利工程科学国家重点实验室、水利部水科学与水工程重点实验室和水利部水文水资源工程技术研究中心的主要技术支撑单位；是联合国教科文组织国际水文计划中国国家委员会的主要联络单位，与联合国教科文组织(UNESCO)、世界气象组织(WMO)、国际水文科学协会(IAHS)、国际标准化组织(ISO)、国际原子能机构 (IAEA)和联合国开发计划署(UNDP)等机构有着广泛的学术业务联系。主编的中国水利学会会刊《水科学进展》，多次获得“百种中国杰出学术期刊”称号。
30多年来，主持承担了国家杰出青年基金、国家自然科学基金、“六五”-“十五”国家科技攻关计划、“十一五”和“十二五”国家科技支撑计划、973、863、国际科技合作、科技部和水利部重点课题，以及流域和区域性的水文水资源课题共800多项。开展了水文循环机理与气候变化、暴雨特性与规律、径流形成机制与模拟、洪水预报方法、设计洪水、水旱灾害、土壤水实验等研究；流域和城市防洪规划的系统分析理论和方法、流域洪水预报和预警系统、防洪体系的调度方式和实时调度研究、防洪指挥调度决策支持系统、洪水风险管理、洪水灾情评估系统、防洪减灾对策与措施研究；中国水资源评价、中国水资源利用、洪水资源利用、国际河流开发与管理研究、全国6大流域入河排污口调查，以及流域及区域性水资源研究；南水北调工程规划与调度运行、全国地下水开发利用规划、全国防洪规划等研究工作；人类活动对水文循环、自然环境的影响及各类工程对水环境的影响评价，河流水质数值模拟，水体中污染物的稀释、扩散、迁移规律及其在水环境分析、预测和水污染治理中的应用研究；完成了应用3S技术复测水库库容曲线、水土流失调查、洪水监测、旱情监测、水下地形测量、水质分析等项目，开发了防洪决策支持、防汛会商、水资源管理、水利工程管理等信息系统。近几年参加了国家防汛抗旱指挥系统、第一次全国水利普查河湖基本情况普查、全国防洪规划、全国水资源综合规划、全国抗旱规划、七大流域综合规划修编、国家水资源监控能力建设及其它重大项目的技术工作。先后获得国家科技进步奖20余项，省部级科技进步奖60余项，出版《中国水旱灾害》、《中国历史大洪水》、《中国暴雨》、《中国历史干旱》、《气候变化对水文水资源影响研究》、《河流功能区划理论与方法研究》、《同位素水文学》等专著80多部。
