中国南海研究协同创新中心是国家认定的首批14家“2011协同创新中心”之一。中心成立于2012年7月，由学会理事长单位南京大学牵头，外交部、海南省、国家海洋局三个政府部门支持，联合中国南海研究院、海军指挥学院、中国人民大学、四川大学、中国科学院、中国社会科学院等单位共同组建。中国南海研究协同创新中心以国家重大战略需求为导向，以实现南海权益最大化为目标，以多学科协同创新为主体，以“文理-军地-校所-校校协同”为路径，以体制机制改革为保障，全面推动南海问题综合研究，服务国家南海战略决策。中心围绕基础研究、动态监测、战略决策等三大方向，构建“南海史地与文化”、“南海资源环境与海疆权益”、“南海法律研究”、“南海航行自由与安全稳定”、“南海周边国家政治经济社会”、“南海舆情监测与传播管理”、“南海遥感动态监测与情势推演”、“南海问题政策与战略决策支持”、“南海国际关系研究”九大研究平台，启动南海维权证据链及基础数据仓库建设、南海问题话语权建设、南海预警及应急响应研究、南海战略决策支持、南海高端人才培养五大工程，全力打造集学术创新体、高端智库、人才培养基地、国际交流对话四大功能与目标于一身的中国特色新型智库。

    2012年10月10日，中国南海研究协同创新中心培育启动仪式在南京大学举行。南京大学等七家协同单位共同参加，外交部、国家海洋局、海南省等支持单位到场支持。