湖泊的形成与演变以及湖泊的物理性质、化学性质和生物特征，均受区域自然地理环境的制约。我国疆域辽阔，经纬两个方向的生物地理环境变化显著，区域自然地理的特色鲜明，导致湖泊的空间分布也呈现出一些显著的区域特点。
（1） 湖泊分布广泛，但相对集中。
面积大于1.0 km2的2693个湖泊分布在我国除福建、广西、海南、重庆、香港和澳门外的28个省（自治区、直辖市）内；福建、广西、海南和重庆虽无面积大于1.0 km2的湖泊，但分布有小于1.0 km2的湖泊。
另外，从湿热多雨的宝岛台湾岛到干燥寒冷的塞北草原，从东部的滨海平原到有世界屋脊之称的青藏高原，都有湖泊的分布，甚至连干旱少雨或终年无雨、极度干旱的巴丹吉林、腾格里、毛乌素等沙漠腹地，也不乏有湖泊存在。
然而，我国湖泊的区域分布极不均衡。
◆东部湖区和青藏湖区湖泊数量占全国湖泊总数量62.7%，湖泊面积占全国湖泊总面积77.2%，是我国湖泊分布最为集中的区域，形成了东、西遥遥相对的两大稠密湖群；江淮中下游更是水网密集，大小湖荡星罗棋布，呈现一派“水乡泽国”的自然景观。
◆东北、蒙新、云贵等3个湖区合计仅有湖泊1004个，面积18529.8 km2，尤其是云贵湖区，是全国诸湖泊分布区中湖泊数量和面积最为稀少的一个湖泊分布区。
（2） 湖泊类型多样，地带性鲜明。
我国具有世界上海拨最高的湖泊（青藏高原湖泊，也有位于海平面以下的湖泊（如艾丁湖）；既有大量的浅水湖泊，也有诸多的深水湖泊；既有淡水湖，也有咸水湖和盐湖；既有吞吐湖，也有闭流湖。
另外，从成因的角度看，构造湖、火山口湖、堰塞湖、冰川湖、岩溶湖、风成湖、合成湖以及海成湖等均有分布。
大兴安岭西麓—内蒙古高原南缘—阴山山脉—贺兰山—祁连山—日月山—巴颜喀拉山—念青唐古拉山—冈底斯山一线成为我国内外流的分界线。
◆此线以东，除松嫩平原、鄂尔多斯高原以及雅鲁藏布江南侧羊卓雍错、空母错等地区有面积不大的内陆流域区外，全都属于外流区；外流区的湖泊，降水充沛，水系发达，矿化度低，以淡水吞吐型湖泊为主。
◆此线以西，除了额尔齐斯河流入北冰洋外，基本上都属于内流区。内流区的湖泊，气候干旱，水系不发育，补给水量小，丰枯季变化明显，矿化度高，以咸水湖和盐湖为主。
